ФНС России даны рекомендации по отражению в налоговых декларациях самостоятельной корректировки налоговой базы и сумм налогов по сделкам между взаимозависимыми лицами

Самостоятельные корректировки по налогу на прибыль организаций и НДФЛ отражаются в годовых налоговых декларациях, по НДС и НДПИ - в уточненных налоговых декларациях по каждому налоговому периоду, в котором произошло отклонение цен.
Сообщается также следующее:

• по налогу на прибыль организаций размер налоговой базы, дополнительно исчисленной налогоплательщиком, отражается в строке 107 Приложения № 1 к Листу 02. При отражении самостоятельных корректировок по налогу на прибыль иностранной организации следует руководствоваться письмом ФНС России от 21.04.2014 № ГД-4-3/7582@;
• по НДФЛ суммы скорректированной в отчетном налоговом периоде налоговой базы и налога отражаются соответственно в строках 5.1 и 5.2 Листа В;
• по НДС суммы корректировки налоговых баз и сумм налога по соответствующим налоговым ставкам отражаются в графах 3 и 5 по строкам 105 - 109 налоговой декларации;
• по НДПИ при отражении самостоятельных корректировок следует руководствоваться письмом ФНС России от 14.03.2013 № ЕД-4-3/4303@.

Также ФНС России рекомендует одновременно с налоговой декларацией направлять в налоговый орган пояснительную записку с информацией об осуществлении самостоятельной корректировки.

Письмо ФНС России от 11.03.2015 № ЕД-4-13/3833@ "О самостоятельных корректировках"