Правило пяти процентов не работает, если товар используется только в не облагаемых НДС операциях

В этом случае принять к вычету «входной» налог не получится. Его нужно учесть в стоимости товара. В новых письмах Минфин поддержал позицию Верховного суда РФ. ФНС также согласна с этой точкой зрения.

Поясним ситуацию на примере. Организация ведет деятельность как облагаемую, так и не облагаемую НДС. При этом доля расходов на товары, которые используются в необлагаемых операциях, не выше пяти процентов общей суммы расходов на все приобретенные, произведенные или реализованные товары. Однако у юрлица есть товар, который нужен только для необлагаемой деятельности. Вот по этому товару принять "входной" НДС к вычету нельзя, даже несмотря на то, что в целом по организации правило пяти процентов соблюдено.

Документы:
Письмо Минфина России от 05.10.2017 N 03-07-11/65098
Письмо Минфина России от 02.10.2017 N 03-07-11/63926